En cas de récolte précoce en saison, il peut se trouver sur les bennes de récolte des insectes issus du champ qui sont passés dans la moissonneuse-batteuse et qui ne sont pas complètement morts, comme les punaises. Ce type d’infestation ne nécessite aucun traitement et les insectes peuvent être éliminés par passage au nettoyeur-séparateur. Pendant le stockage, quelques insectes secondaires sont possibles (tribolium, silvains), mais le problème de conservation le plus fréquent rencontré sur tournesol et colza est celui d’une infestation possible par les acariens mycophages des genres Acarus, Tyrophagus ou Glycyphagus, qui ressemble à de « la poussière qui bouge ». Ces phases de pullulation d’acariens sont en relation avec des problèmes de condensation sur conteneurs métalliques ou de reprise d’humidité des lots de graines en surface, les acariens ne pouvant se développer que s’il commence à y avoir de la moisissure sur les graines. L’autre risque pour le tournesol est celui des rongeurs qui peuvent s’introduire dans les cellules de stockage ou dans les chambres froides pour se nourrir et ainsi, détériorer les lots en surface des conteneurs ou percer les sacs de semences et les souiller par leurs déjections.